该书讲述了与微生物相关的科学故事和文明史故事。通过追溯地球生命演进的历史，讲述了形形色色的微生物如何促成生态系统中植物和动物的繁衍；通过描述植物根系、人类肠道等的正常运转，澄清了无病害土壤和健康肠道中的微生物群落如何重建土壤肥力，搭建生命的基石。